Institut ribnogo gospodarstva ta ekologiyi morya (IREM) buv zasnovaniy v misti Berdyans'ku u 1975 roci, yak Berdyans'ke viddilennya Azovs'kogo naukovo-doslidnogo institutu ribnogo gospodarstva (AzNDIRG, m. Rostov-na-Donu). U 1991 roci na bazi Berdyans'kogo viddilennya AzNDIRG bula stvorena Ukrayins'ka Azovs'ka naukovo-doslidna ribogospodars'ka stanciya (UkrAzNDRS), yaka piznishe, u 1996 roci, bula vklyuchena, yak Azovs'ke viddilennya, do skladu Pivdennogo NDI mors'kogo ribnogo gospodarstva ta okeanografiyi (PivdenNIRO).
U 2003 roci na bazi Azovs'kogo viddilennya PivdenNIRO rishennyam Departamentu ribnogo gospodarstva Ukrayini bulo stvorene samostiyne derzhavne pidpriiemstvo -"Azovs'kiy centr PivdenNIRO", scho, z odnogo boku, ie viznannyam uspihiv, visokoyi bagatofunkcional'nosti i suchasnogo naukovogo potencialu organizaciyi, a z inshogo - nadalo novi mozhlivosti dlya rozshirennya spektru doslidzhen', poshuku novih form spivrobitnictva, yak z vitchiznyanimi, tak i z inozemnimi partnerami.
Za roki isnuvannya IREM buv proydeniy shlyah stanovlennya v yakosti odniieyi z providnih naukovih organizaciy, scho vikonuyut' ribogospodars'ki doslidzhennya u vodoymah Azovs'kogo baseynu.